Dozenten
Prof. Dr. Burkhard Morgenstern, Dr. Peter Meinicke
Beschreibung
Die Vorlesung behandelt fortgeschrittene Algorithmen der Bioinformatik. Im ersten Teil werden probabilistische Methoden zur Analyse von RNA-Sekundärstrukturen besprochen. Hierür werden Konzepte aus der theoretischen Informatik eingeführt, die in der Bioinformatik zur Analyse von Sequenzdaten verwendet werden. Weiterhin werden Algorithmen zur Analyse von Zeichenketten (Strings) eingeführt, die in der Genomanalyse eine zentrale Rolle spielen. Der Schwerpunkt liegt auf Suffix-Bäumen und deren Anwendung in der Genomanalyse. Im zweiten Teil der Vorlesung werden Algorithmen zum Clustern von Daten behandelt. Neben einem generellen Überblick über gängige Verfahren sollen hier insbesondere Clusteralgorithmen genauer betrachtet werden, die bei der Genexpressionsanalyse zur Anwendung kommen.
Daten zur Vorlesung
| Für: | Studierende der Angewandten Informatik mit Schwerpunkt Bioinformatik |
| sowie Mathematiker(innen) und Biolog(inn)en mit Interesse an Fragestellungen | |
| der Bioinformatik bzw. Nebenfach Bioinformatik. |
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| Zeit: | Di 16:15 - 17:45 und Do 16:15 - 17:45 Uhr |
| Ort: | Di MN01, Do Raum 277, Goldschmidtstr.1, Geowissenschaftliches Zentrum |
| Voraussetzungen: | Entweder eine einführende Vorlesung in die Bioinformatik |
| (z.B. Algorithmen der Bioinformatik I oder Grundlagen der Bioinformatik) | |
| oder Grundvorlesungen der Mathematik oder Informatik. | |
| Kenntnisse in Genomik und Molekularbiologie sind nützlich aber nicht notwendig. | |
| Scheinkriterium: | mündliche Prüfung |
| Literatur: | D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press. |
| R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids | |
| U. Schönig: Theoretische Informatik -- kurzgefasst, Spektrum Akademischer Verlag | |
| A. K. Jain, R. C. Dubes: Algorithms for Clustering Data,Prentice-Hall |