Beschreibung
Das Bioinformatik-Praktikum für Fortgeschrittene soll einen Einblick in die alltägliche Arbeit der Bioinformatik geben. Die Teilnehmer werden jeweils einzeln betreut und bearbeiten über einen Zeitraum von 4 Wochen (im Studiengang BSc Biologie 6 Wochen) weitgehend selbständig eine Programmieraufgabe aus den angebotenen Themenbereichen (s. u.). Dazu sind grundlegende Kenntnisse im Arbeiten unter Linux und der Programmierung mit Perl Voraussetzung. Abschließend ist ein Protokoll zur Durchführung anzufertigen. Die Betreuung erfolgt durch einen Mitarbeiter der biologischen oder medizinischen Bioinformatik, externe Betreuungen sind nach Absprache möglich.
Bei entsprechenden Vorkenntnissen und nach Absprache mit dem Betreuer, ist es auch möglich, das Praktikum in einer anderen Programmiersprache (Java, C++, R, ...) oder unter Matlab zu absolvieren.
Vor Beginn des Praktikums findet ein Prüfungsgespräch statt, bei dem die Linux- und Perl-Kenntnisse (bzw. Kenntnisse in anderen Programmiersprachen) abgefragt werden.
Themenbereiche
Die Projekte entstammen der aktuellen Forschungsarbeit der betreuenden Abteilung und können z. B. folgende Themengebiete berühren:- Promotoranalyse bei Eukaryoten (Martin Haubrock)
- Genvorhersage bei Eukaryoten (Mario Stanke
- XML in der Bioinformatik (Martin Haubrock)
- Genvorhersage bei Prokaryoten (Maike Tech)
- Sequenzanalyse mit bioinformatischen Tools (Maike Tech)
- Assembly und Annotation von prokaryotischen Sequenzen (Heiko Liesegang, Laboratorium für Genomanalyse )
- Zugriff auf biomolekulare Datenbanken (Torsten Crass)
- Modellierung biomolekularer Netzwerke (Torsten Crass)
- Maschinelles Lernen und Data Mining (Peter Meinicke; Kentnisse in Matlab oder R erforderlich)
- Sequenzalignment (Burkhard Morgenstern)
- Vergleich und Vorhersage von RNA-Sequenzen (Isabelle Heinemeyer)
- Klassifikation von Proteinen (Thomas Lingner)
- Bestimmung von HIV-Subtypen mit Hidden-Markow-Modellen (Anne-Kathrin Schultz)
- Basisfunktionen des verteilten Rechnens (Thomas Lingner)
- Phylogenie von Schwämmen (Fabian Schreiber)
| Zeit: | ganztägig, nach Vereinbarung mit dem jeweiligen Betreuer |
| Ort: | Bioinformatik, Goldschmidtstr.1 (Gebäude der Mineralogie, 2. Stock) |
| Anmeldung: | Abteilung Bioinformatik (IMG), Britta Leinemann, Sekretariat, Raum 260, Tel: 39-14966 |
| oder Abteilung Bioinformati (UKG), Doris Waldmann, Sekretariat, Raum 267, Tel: 39-14912 | |
| Für BSc Biologie: | Anmeldung über FlexNow ist unerläßlich! |
| schriftliche Anmeldung (PDF) | Organisation: | Maike Tech |
| Voraussetzungen: | Kenntnisse in Linux und Perl, |
| erfolgreiche Teilnahme am Linux- und Perl-Praktikum für Biologen und Mediziner | |
| Scheinkriterium: | testiertes Protokoll |
| Literatur: | James Tisdall, Einführung in Perl für Biologen (O'Reilly) |
| Rainer Merkl & Stefan Waack, Bioinformatik Interaktiv - Algorithmen und Praxis (Wiley-VCH) | |
| Cynthia Gibas & Per Jambeck, Praktische Bioinformatik (O'Reilly) | |
| Java Grundlagen (H. Partl), pdf |