Applied Bioinformatics [Primer design]

Exercises

Lösungen zu den Primerdesign-Aufgaben

Ziel der Aufgaben war es nicht den/die »perfekten« Primer zu finden. Viel mehr geht es darum die Programme kennenzulernen und sich ein wenig mit ihnen zu beschäftigen. Häufig gibt es keine wirklich gute Lösung beim Primerdesign und man muss einfach ausprobieren, was in der PCR am besten funktioniert.

1. Aufgabe
   Primer3
   Auf die Tm achten, sie muss mind. 2 Grad höher als die extension temperature sein.

   LEFT PRIMER 111 20 75.05 75.00 6.00 3.00 CCCCAGGCACCAGGGCGTGA
   RIGHT PRIMER 327 20 74.28 75.00 4.00 1.00 GGGGGCCTCGGTCAGCAGCA
   

   Das Produkt ist sehr klein (~ 200 BP) und liegt an der absoluten Untergrenze dessen, was auf dem Gel nachzuweisen ist. Eine manuelle Auswahl eines Primers, um ein längeres Produkt zu erhalten, wäre also angebracht.

   NetPrimer
   Wieder auf Tm achten (s.o.)! Eine mögliche annealing temperature wäre 65 Grad.
   Forward-Beispiel:

   ATGGATGATGATATCGCCGCGCTCGTCGTCGA
   

   T: 68, Tm: 83, keine Hairpins, Palindrome, Repeats, aber ein möglicherweise kritisches Dimer weil ΔG -6,82kcal/mol.
   Reverse-Beispiel:

   CTAGAAGCATTTGCGCTGGACGATGGAGG
   

   T: 68, Tm: 75, keine Hairpins, ein recht unkritisches Dimer, ein ungünstiges Cross-Dimer
2. Aufgabe
   NetPrimer
   Forward-Beispiel mit HindIII-Schnittstelle und GC-Klammer:

   GCAAGCTTATGGATGATGATATCGCCGCGCTCGTCGTCGA
   

   T: 68, Tm: 88, Dimer und Cross-Dimer sind kritisch.
   Reverse-Beispiel mit XhoI Schnittstelle und GC-Klammer:

   GCCTCGAGCTAGAAGCATTTGCGCTGGACGATGGAGG
   

   T: 68, Tm: 86, Dimer und Cross-Dimer sind kritisch.

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