Bioinformatik-Praktikum für Fortgeschrittene [SoSe 2015]


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Beschreibung

Das Bioinformatik-Praktikum für Fortgeschrittene soll einen Einblick in die alltägliche Arbeit der Bioinformatik geben. Die Teilnehmer werden jeweils einzeln betreut und bearbeiten über einen Zeitraum von 4 Wochen (im Studiengang BSc Biologie 6 Wochen) weitgehend selbständig eine Programmieraufgabe aus den angebotenen Themenbereichen (s. u.). Dazu sind grundlegende Kenntnisse im Arbeiten unter Linux und der Programmierung mit Perl Voraussetzung. Abschließend ist ein Protokoll zur Durchführung anzufertigen. Die Betreuung erfolgt durch einen Mitarbeiter der biologischen oder medizinischen Bioinformatik, externe Betreuungen sind nach Absprache möglich.

Bei entsprechenden Vorkenntnissen und nach Absprache mit dem Betreuer, ist es auch möglich, das Praktikum in einer anderen Programmiersprache (Java, C++, R, ...) oder unter Matlab zu absolvieren.

Vor Beginn des Praktikums findet ein Prüfungsgespräch statt, bei dem die Linux- und Perl-Kenntnisse (bzw. Kenntnisse in anderen Programmiersprachen) abgefragt werden.

Themenbereiche

Die Projekte entstammen der aktuellen Forschungsarbeit der betreuenden Abteilung und können z. B. folgende Themengebiete berühren:
Zeit: ganztägig, nach Vereinbarung mit dem jeweiligen Betreuer
Ort:Bioinformatik, Goldschmidtstr.1 (Gebäude der Mineralogie, 2. Stock)
Anmeldung: Abteilung Bioinformatik (IMG), Britta Leinemann, Sekretariat, Raum 260, Tel: 39-14966
oder Abteilung Bioinformati (UKG), Doris Waldmann, Sekretariat, Raum 267, Tel: 39-14912
Für BSc Biologie: Anmeldung über FlexNow ist unerläßlich!
schriftliche Anmeldung (PDF)
Organisation:Maike Tech
Voraussetzungen: Kenntnisse in Linux und Perl,
erfolgreiche Teilnahme am Linux- und Perl-Praktikum für Biologen und Mediziner
Scheinkriterium: testiertes Protokoll
Literatur: James Tisdall, Einführung in Perl für Biologen (O'Reilly)
Rainer Merkl & Stefan Waack, Bioinformatik Interaktiv - Algorithmen und Praxis (Wiley-VCH)
Cynthia Gibas & Per Jambeck, Praktische Bioinformatik (O'Reilly)
Java Grundlagen (H. Partl), pdf