Allgemeines
Für die Funktion der RNA ist in den meisten Fällen nicht die Primärstruktur (Nukleotidsequenz) entscheidend, sondern die räumliche Struktur (Sekundär- und Tertiärstruktur). Die Sekundärstruktur bildet sich durch Paarung komplementärer Basen. In der Regel bilden sich Watson&Crick-Basenpaare: Adenin-Urazil (A-U) und Guanin-Cytosin (G-C), wobei zwischen Adenin und Urazil zwei Wasserstoffbrücken ausgebildet werden und zwischen Guanin und Cytosin drei. Seltener paaren auch Guanin und Urazil (zwei Wasserstoffbrücken), was als Wobble-Paar bezeichnet wird. Gepaarte Bereiche bilden Helices aus, ungepaarte Bereiche dazwischen bilden Loops (siehe Beispiel).
Funktionen
- mRNA – messangerRNA (Matrize für die Translation)
- Riboswitches (regulatorische Funktion, UTR der mRNA)
- rRNA – ribosomale RNA (Teil des Ribosoms)
- tRNA – transferRNA
- sRNA – small functional RNAs
RNA-Strukturvorhersage
Die Vorhersage von RNA-Strukturen basiert generell darauf, nach stabilen Strukturen zu suchen. Das sind vor allem solche mit einer geringen freien Energie (minimal free energy). Energetisch günstig wirkt sich insbesondere der stacking Effekt aus, der die Helices gepaarter Basen stabilisiert.
Links
- Bracket notation für RNA-Sekundärstrukturen
- RNA Strukturvorhersage: mfold
- RNA Strukturvorhersage auf einem Alignment: RNAalifold
- Datenbank für RNA-Familien: Rfam
- Alignment: ClustalW
- RNA world
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