Aufgaben
- Netzwerke sind mathematisch gesehen Graphen. Beschreiben Sie die Netzwerke der Glykolyse und des Zellzyklus, die Sie auf der KEGG-PATHWAY Datenbankseite finden mit den Attributen: unipartit, bipartit, gerichtet und ungerichtet.
- Warum sind diese beiden Netzwerke unterschiedlich dargestellt?
- Welche Wege im Glykolyse-Netzwerk führen von α-D-Glukose-1-Phosphat zu β-D-Fruktose-6-Phosphat? Skizzieren Sie das Teilnetzwerk. Welche Wege werden von humanen Enzymen katalysiert?
- Betrachten Sie nun den p53-Signalweg. Wie wirkt sich eine gesteigerte Aktivität von MDM2 im Netzwerk aus?
Starten Sie das Programm Copasi und nutzen Sie den Tutorial-Wizard, um folgende Reaktionen zu modellieren:
- 2 H2 + O2 → 2 H2O
- C2H7OH + NAD+ − ADH → CH3CHO + NADH + H+
- Um welche Reaktionen und Reaktionstypen handelt es sich?
- Schätzen oder finden Sie die Reaktionskonstanten.
Laden Sie die Datei exercise.cps. Welche Reaktionen sind im Modell dargestellt?
Angenommen einer Zelle wird ständig α-D-Glukose-1-Phosphat von außerhalb zugeführt und β-D-Fruktose-6-Phosphat wird exportiert. Nutzen Sie Copasi, um die elementaren Flußmodi zu berechnen.
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