Informationen zur Genomik bei Prokaryoten
- Vorlesung zur Genomik (pdf)
Begriffe
- Genomics (WikiPedia)
- Pathgenitätsinseln (pathogenic islands / alien genes):
Bereiche im Genom, die sich durch ihre Merkmale vom genomischen Durchschnitt unterscheiden und die wahrscheinlich durch lateralen Gentransfer in den Organismus gelang sind. Oft sind in diesen Bereichen Gene zu finden, die für die Pathogenität eines Organismus verantwortlich sind. - Lateraler Gentransfer (auch horizontaler Gentransfer):
Speziesübergreifende Übertragung von Genen, häufig im Reich der Prokaryoten zu finden - GC-Gehalt
Anteil an Guanin und Cytosin im Genom. Variiert in verschiedenen systematischen Gruppen stark und wird daher auch als Kenngröße für Genome verwendet. - RBS – Ribosombindestelle (auch Shine-Dalgarno-Sequenz – SD)
Kurze Sequenz (5-9 nt), die oft 5-10 Basen upstream des Translationsstarts (»vor« dem Translationsstart) zu finden ist und die komplementär zum 3'-Ende der 16SrRNA des Ribosoms ist. Die Sequenz enthält häufig vier oder mehr Bases des Regulären Ausdrucks RGGRGGTGAT (mit R=A oder G). - Natürliche Kompetenz
Fähigkeit von Prokaryoten »fremde« DNA aufzunehmen und ins eigene Genom zu integrieren. - Promotor – Transkriptionsstart
Tools zum Download (brauchen alle JAVA)
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